Błędy i ograniczenia w TFTD

Druga część serii XCom jest słynna z dużej ilości błędów, a także dokuczliwych i utrudniających grę ograniczeń. Z uwagi na zastosowanie tego samego silnika, co w UFO: Enemy Unknown, wiele błędów jest wspólnych (i nie wszystkie błędy znane z UFO-1 znalazły się na poniższej liście). Wciąż rozwijany program TFTD Extender dla wersji CE ma na celu ich eliminację; na początku opisu podano w cudzysłowie angielskie nazwy błędów usuwanych przez ten program.

Ogólne błędy i ograniczenia związane z grą:

gra jest niestabilna, i w wielu sytuacjach może ulegać awarii („padać”, np. po naciśnięciu Ctrl + C na początku nowej gry), czego wynikiem jest ekran zapełniony tekstem pisanym dużą czcionką;
„Music Change Freeze”: gra czasem wiesza się przy zmianie muzyki, jeśli korzysta z plików midi;
„FixSounds”: na końcu niektórych dźwięków w grze pojawia się zakłócający uciążliwy efekt, a poruszający się Zombie wydaje niewłaściwy odgłos;
tentakulaty, które wydostają się z zombich, mają taką samą charakterystykę, niezależnie od wybranego poziomu trudności gry.

Błędy i ograniczenia związane ze scenariuszem gry:

choć akcja TFTD odbywa się szereg lat po pierwszej wojnie z obcymi, nie są dostępne żadne dokonane wówczas wynalazki (jak broń plazmowa), a przecież można by z nich korzystać przynajmniej podczas misji lądowych;
obcy z TFTD określani są jako Alien Creatures (obce stworzenia), a ich pojazdy jako Alien Subs (okręty podwodne obcych), zatem termin „UFO” nie jest nigdzie używany, mimo to baza informacji związanych z rozgrywką wciąż określana jest jako UFOpedia;
dzięki obecności misji antyterrorystycznych w portach, na wyspach i na statkach, a także w bazach XCom-u, gra toczy się zarówno w wodzie, jak i na lądzie, ale programiści zasadniczo nie zauważają specyfiki obu tych środowisk – jedyna różnica jest taka, że część rodzajów broni może być używana tylko pod wodą;
marynarze („akwanauci”) i czołgi XCom-u muszą opanować technologię obcych, by móc poruszać się w wodzie w kierunku pionowym, choć przecież w rzeczywistości pływanie jest rzeczą elementarną i nie wymaga żadnej skomplikowanej technologii, ale jedynie użycia komór powietrznych czy sterów głębokości;
większość gatunków obcych stworzeń to organizmy wodne, a mimo to także i one nie potrafią unosić się w wodzie;
pojawianie się pewnych ras obcych terrorystów tylko w środowisku lądowym sprawia, że mogą one być spotykane tylko wyjątkowo lub w ogóle nie zjawiają się w niektórych rozgrywkach;
fizyka w środowisku wodnym (rzucanie przedmiotów, eksplozje, broń rakietowa/torpedowa) wygląda w grze identycznie jak w czasie misji lądowych, fundamentalne różnice środowiska nie zostały w ogóle wzięte pod uwagę przez programistów, przez co gra jest zupełnie nierealistyczna;
także statki (łodzie latające XCom-u i okręty podwodne obcych) poruszają się tak samo pod wodą, jak i w powietrzu (mają taką samą prędkość, przyśpieszenie, zużywają tyle samo paliwa) – jest to nie tyle nieprawdopodobne, co zupełnie niemożliwe;
działo pokładowe Gas Cannon ma mieć efektywny zasięg rażenia 8 km – w rzeczywistości zbiornik gazu umożliwiającego przeniesienie pocisku na taką odległość w środowisku wodnym musiałby mieć gigantyczne rozmiary;
UFOpedia informuje, że kontrola molekularna jest możliwa poprzez implanty znajdujące się u jednostki kontrolowanej, jak zatem jest w ogóle możliwe, że oddziałuje ona także na ludzi (i to zarówno na marynarzy, jak i na cywilów – czyżby oni też mieli implanty obcych?);
nie wiadomo więc właściwie, czym różnią się umiejętności kontroli molekularnej od umiejętności psionicznych znanych z UFO-1 (które były przecież wykorzystywane także do kontrolowania urządzeń obcych: cyberdysków i sektopodów) – i dlaczego są one aż tak różne, że marynarze muszą się uczyć umiejętności kontroli molekularnej od podstaw.

Błędy i ograniczenia związane z kosztami utrzymania baz:

gdy stan finansów przekroczy 2 147 483 647 dolarów, zmienia się w ujemny, i kontynuowanie gry nie jest możliwe bez zabiegów hakerskich;
jeśli jakieś urządzenie bazy zostanie zdemontowane, będziemy wciąż ponosić pewną comiesięczną opłatę za miejsce, które to urządzenie zajmowało.

Błędy i ograniczenia związane z kupnem, sprzedażą i transportem przedmiotów w grze strategicznej:

niemożliwa jest sprzedaż statku bez dział pokładowych, choć gdy statek kupujemy, jest on ich pozbawiony;
„Transfered Crafts Refueled”: po przybyciu na miejsce transportowanego statku zaopatrzonego w paliwo jego baki okazują się puste, choć statek jest zdolny do wypłynięcia na misję; gdy taki statek wypłynie z bazy i natychmiast do niej powróci, musi być jednak całkowicie zatankowany przed wyruszeniem na kolejną misję;
jednocześnie można transportować tylko 100 przesyłek, i jeśli próbujemy wysłać kolejną, otrzymujemy ostrzeżenie, że przesyłka nie jest możliwa z powodu braku dostępnych środków transportowych – jeśli jednak zignorujemy to ostrzeżenie, i ponownie spróbujemy wysłać naszą przesyłkę, wówczas znów się to nie uda, ale poniesiemy opłaty za przesyłkę, która się nie odbyła;
przesyłka może składać się z nie więcej niż 255 przedmiotów (tego samego rodzaju).

Błędy i ograniczenia związane z magazynowaniem przedmiotów, przetrzymywaniem obcych, angażowaniem i zakwaterowaniem ludzi:

w bazie można przechowywać do 9999 przedmiotów jednego rodzaju, a każda ewentualna kolejna sztuka zniknie (dotyczy to często np. zrbite);
baza ma limit ilości przechowywanych przedmiotów, zależny od pojemności magazynów (General Stores), ale limit ten nie dotyczy przedmiotów produkowanych w bazie (w warsztatach – Workshop);
także dowolna ilość przedmiotów zdobytych na misji będzie przechowywana w bazie, bez względu na ograniczoną pojemność magazynów;
w bazach można przechowywać w sumie do 300 obcych (w wersji 1 – do 50 obcych), niezależnie od tego, ile się ma łącznie Alien Containments – w szczególności wybudowanie drugiego takiego urządzenia w danej bazie nie zwiększy ilości obcych, których baza może przechowywać;
w każdej z baz można przetrzymywać jednocześnie tylko 10 różnych typów obcych, a budowa drugiego Alien Containment także nie podnosi tego limitu;
złapani obcy giną w wyniku badań, ale nie da się ich uśmiercić w inny sposób, zatem aby odzyskać miejsce, trzeba badać obcych, którzy i tak nie wzbogacą już niczym naszej wiedzy;
ciało obcego przebadanego i uśmierconego w wyniku badania znika w niewytłumaczalny sposób z zasobów bazy;
we wszystkich bazach łącznie można mieć maksymalnie 250 marynarzy;
komunikat, że próbuje się wynająć zbyt wielu marynarzy, wymaga odebrania (kliknięcia OK) dla każdego marynarza ponad limit (jeśli np. ma się 240 marynarzy i próbuje dokupić 40, trzeba łącznie 30 razy potwierdzić odebranie wiadomości, że został przekroczony limit);
„Personnel Overflow”: w danej bazie można mieć 255 naukowców i 255 inżynierów, ale nie ma żadnego mechanizmu, który zapobiegałby kupnu kolejnych; jeśli w bazie jest dokładnie 256 naukowców (inżynierów), wówczas nie ponosimy żadnych kosztów ich wynajmu, bo gra liczy ich ilość jako 0 (aby mogli pracować, przynajmniej część z nich musi być cały czas przydzielona do jakiegoś projektu, nie mogą wszyscy na raz skończyć pracy); jeśli w bazie jest 257 naukowców (inżynierów) lub więcej, za ich wynajem naliczane są koszty ujemne (czyli nie tylko nic nie płacimy, ale jeszcze zarabiamy);
wśród marynarzy niektórzy mężczyźni noszą rosyjskie nazwiska żeńskie, a niektóre kobiety – męskie.

Ogólne błędy i ograniczenia związane z wykonywaniem badań i produkcją przedmiotów:

jeśli naukowcy skończą jakieś badania (o północy), i przydzielimy ich od razu do jednego z kolejnych tematów na liście (nie zawsze jest to temat wyświetlany jako kolejny), gra uzna, że pracowali nad tym tematem cały dzień, i może zakomunikować, że badania zostały ukończone – sztuczkę tę można powtarzać także dla kolejnych zadań, i w ten sposób ukończyć jednego dnia nawet kilkanaście badań;
jeśli rozpocznie się produkcję jakiegoś przedmiotu, ustawiając zero jako liczbę sztuk, następnie wyjdzie się z ekranu produkcji, wejdzie do niego jeszcze raz i przydzieli pracowników do wytworzenia tego przedmiotu, a następnie podniesie ilość sztuk powyżej zera, to pierwszy z wytworzonych przedmiotów wykonany będzie za darmo;
maksymalna ilość roboczogodzin dla jakiegoś projektu wynosi 65 535, po przekroczeniu tej wartości czas ukończenia zamówienia spada zamiast rosnąć;
czas wykonania jakiegoś zamówienia na produkcję liczony jest z dokładnością do godziny, a koniec następuje zawsze o pełnej godzinie (np. zadanie rozpoczęte o 13:01 i mające trwać 5 godzin nie zakończy się o 18:01, ale dopiero o 19:00, czyli potrwa 5 godzin 59 minut); każde przerwanie i ponowne wznowienie produkcji skutkuje stratą jednej godziny (z powodu błędu omówionego wyżej);
„Manufacture Rate Limit”: istnieje maksymalny przydział inżynierów do wykonania jakiegoś zadania równy ilości potrzebnej do wykonania jednego przedmiotu w ciągu godziny, np. wykonanie jednej sztuki akwaplastiku (Aqua Plastics) w ciągu godziny wymaga zatrudnienia 100 inżynierów, dlatego przydzielenie do tego zadania 200 inżynierów nie przyśpieszy produkcji (co najwyżej zostanie wyświetlona informacja, że czas ukończenia zadania będzie krótszy niż w rzeczywistości); błąd ten jest wynikiem nieudolnej próby naprawienia ograniczenia, które występowało w UFO-1 – w UFO-2 można przydzielić więcej inżynierów niż maksymalny przydział, ale nadmiarowi inżynierowie będą bezrobotni i nie przyśpieszą wykonania zadania.

Błędy i ograniczenia związane z wytwarzaniem przedmiotów:

„PWT Ammo Manufacture”: torpedy kierowane do czołgu (Pulse Wave Torpedo) są słabsze niż ich wersja do użytku osobistego (Disruptor Ammo) i przeznaczona dla statków (Pulse Wave Torpedo Ammo), ale kosztują więcej niż każda z nich, zarówno pod względem finansowym, jak i materiałowym (Zrbite, Aqua Plastics);
„PWT Launcher Production”: akwaplastik powinien być surowcem do produkcji pokładowej wyrzutni PWT, ale z powodu błędnego wpisu w PRODUCT.DAT (na drugim miejscu, nie na pierwszym) nie jest w ogóle używany;
w wersji 1.0 i 2.1 produkcja Ion-Beam Accellerators nie jest normalnie w ogóle możliwa pomimo poznania tego produktu technologii obcych (w wersji 2.0 i CE jest możliwa).

Błędy i ograniczenia związane z urządzeniami bazy:

„Sensor Stacking”: każda baza używa tylko jednego urządzenia wykrywającego (sonaru lub Transmission Resolvera), dodatkowe sonary nie poprawiają jej zdolności do wykrywania;
„Base Facility Dismantle-Construction Crash”: rozmontowanie urządzenia wykrywającego i budowa na jego miejscu innego sprawia, że baza w czasie budowy wykrywa USO tak, jakby rozmontowane urządzenie wciąż działało.

Błędy i ograniczenia związane z wykrywaniem i przelotami USO:

gdy wykryjemy USO, otrzymujemy określone informacje zależnie od typu urządzenia wykrywającego, jednak gdy to samo USO znajdzie się następnie w zasięgu innego, lepszego urządzenia (np. Transmission Resolvera), nie otrzymamy wcale więcej informacji o obiekcie;
jeśli obcy wykryją lokalizację naszej bazy, ale nie zdążą ją zaatakować przed oddaniem do użytku urządzenia maskującego M.C. Generator, to będą tę bazę atakować ciągle, mniej więcej co tydzień, nawet wówczas, gdy zostanie przez nich przejęta lub zdemontowana (Transmission Resolver pokaże wówczas inny cel misji Floating Base Attacks niż faktyczny);
obcy nie używają w ogóle Floating Base Attacks (ataku na bazę XCom-u) w odpowiedzi na zaatakowanie przez XCom ich bazy;
obcy zwykle nie odpowiadają także na inne ataki XCom-u, dlatego można pozostawić na dłużej bazy obcych i czerpać stałe profity, przejmując statki zaopatrzeniowe.

Błędy i ograniczenia związane ze statkami XCom i pogonią za USO:

„Zrbite-fueled Craft Bug”: statki napędzane Zrbite rozpoczną powrót do bazy, gdy ilość paliwa spadnie do 50%, niezależnie od ich odległości od bazy (statki konwencjonalne zachowają się poprawnie i przerwą wskazane zadanie dopiero wówczas, gdy paliwa wystarczy akurat na powrót);
statek nie wybiera najkrótszej drogi między punktami na kuli ziemskiej (nie porusza się po okręgu koła wielkiego);
myśliwiec kieruje się zawsze wprost do bieżącej lokalizacji USO zamiast zmierzać do przewidywanego punktu spotkania (i w efekcie pokonuje dłuższą drogę, umożliwiając USO ucieczkę);
niemożliwy jest pościg za USO poruszającym się szybciej niż może myśliwiec, nawet wówczas, gdy USO leci wprost na niego (jest to skutek poprzedniego błędu);
próba pościgu myśliwcem za USO, które usiadło na dnie, kończy się ucieczką USO z maksymalną szybkością tak, że jego przechwycenie jest już niemożliwe (do takiego USO można jedynie posłać statek transportowy);
statki XCom-u są zdolne do unoszenia się w powietrzu, a ich uzbrojenie nie musi koniecznie działać tylko w wodzie (np. działo Gaussa), więc właściwie nie wiadomo, dlaczego nie mogą przejść do przechwycenia USO nad lądem;
komunikat o niemożliwości przechwycenia USO nad lądem („Cannot intercept over land”) powtarza się bardzo często podczas pogoni USO wzdłuż brzegów (nie wiadomo po co gracz jest zmuszony odbierać ciągle tę samą wiadomość);
gdy USO zanurzy się na głębokość przekraczającą możliwości statku XCom-u, wraca on do bazy (nadając komunikat „Mission too deep”) zamiast kontynuować śledzenie USO w oczekiwaniu na moment, gdy znajdzie się ono na głębokości odpowiedniej do przypuszczenia ataku – błąd ten zmusza gracza do podążąnia za USO poprzez ręczne wyznaczanie kolejnych punktów, do których ma dotrzeć statek;
USO czasem ląduje na lądzie; wysłanie marynarzy w to miejsce skutkuje jednak misją podwodną na płyciźnie, a czasem prowadzi do awarii gry;
ostatni strzał z wyrzutni rakiet w czasie pogoni za USO może chybić, o ile nie przestawimy tuż przedtem trybu ostrzału na agresywny;
niemożliwe jest załadowanie stanu gry zapisanego podczas pogoni za USO, jeśli ekran pogoni został zminimalizowany do ikony z numerem;
niemożliwa jest kontynuacja gry po zakończeniu misji, jeśli w momencie jej rozpoczęcia jakieś myśliwce znajdowały się w pogoni za USO;
wizerunki niektórych rodzajów USO na ekranie pogoni są błędne, mianowicie Survey Ship i Escort oraz Battle Ship i Fleet Supply Cruiser są zamienione ze sobą; ten sam błąd występuje w UFOpedii (statki pierwszej pary są też zmienione w grze taktycznej).

Problemy związane z pokładowym działem Gaussa (na myśliwcu):

działo to zużywa takie same naboje jak czołg Coelacanth/Gauss (wpis w pliku BASE.DAT w polu 104, offset D0h) – nie jest to prawdopodobnie wynik przemyślanych decyzji programistów, ale szybkich poprawek wprowadzonych w ostatniej chwili;
nie jest potrzebne specjalne badanie, które prowadziłoby do opracowania tego rodzaju amunicji; jest to sytuacja w UFO-2 zupełnie wyjątkowa;
„Gauss Tank Turret Stats Fix”: pokładowe działo Gaussa ma mniejszą siłę ognia niż czołg Coelacanth/Gauss, używający tej samej amunicji;
w grze istnieje alternatywna amunicja do pokładowego działa Gaussa (wpis w pliku BASE.DAT w polu 105, offset D2h), nie istnieje jednak badanie, ani żaden inny „legalny” sposób jej odblokowania;
alternatywna (nieużywana) amunicja jest bardzo droga i zajmuje wiele miejsca – prawdopodobnie zapisane w grze wartości powinny się odnosić do pakietu złożonego z 50 naboi;
cena sprzedaży tej alternatywnej, nieużywanej amunicji wynosi 53 300 $, czyli dokładnie tyle samo, ile cena sprzedaży pokładowej amunicji P.W.T. (i tyle samo, co cena sprzedaży amunicji fuzyjnej w UFO-1 – jest to zapewne kolejnym błędem programistów;
cena wyprodukowania tej amunicji jest ponad 5 razy niższa niż cena jej sprzedaży, co czyni ją bardzo wartościowym przedmiotem produkcji (po odblokowaniu takiej możliwości metodami hakerskimi lub używając XComUtil, czysty zysk z produkcji w dwóch warsztatach, po odliczeniu pensji inżynierów, wynosi prawie 23 miliony na miesiąc);
„Gauss Cannon Rearm”: pokładowe działo Gaussa zdolne jest do załadowania (w bazie) tylko 10 pocisków na godzinę (co jest wartością śmiesznie małą, zwłaszcza w zestawieniu z wszystkimi innymi działami w UFO-1 i UFO-2, których szybkość ładowania wynosi 99 lub 100 pocisków na godzinę).

Ogólne błędy i ograniczenia związane z grą taktyczną i przygotowaniami do niej:

na misję można zabrać tylko 80 przedmiotów;
„Gauss Tank Ammo”: załadowanie na statek czołgu Coelacanth/Gauss powoduje automatyczne załadowanie 50 naboi, których nie da się w żaden sposób odzyskać – jeśli np. usuniemy ten czołg z listy przydziału na statku transportowym, a następnie przydzielimy go ponownie, stracimy kolejne 50 naboi;
na misji istnieje limitowana tablica obiektów, której przepełnienie (występujące z reguły podczas obrony własnej bazy) skutkuje znikaniem ciał zabitych obcych (pozostają tylko przedmioty, które ci obcy mieli przy sobie);
na misji może walczyć maksymalnie 40 marynarzy XCom-u, przy czym każdy użyty czołg (zawsze liczony na początku listy jednostek bojowych) zmniejsza ten limit o 4, dlatego np. jeśli w bazie mamy 5 czołgów, to do jej obrony zostanie skierowanych maksymalnie tylko 20 marynarzy;
„Ship Attack Randomize Bug”: misje antyterrorystyczne na statkach handlowych są o wiele rzadsze niż na liniowcach (gra błędnie oblicza prawdopodobieństwo wystąpienia obu typów misji);
lądowe misje akwatoidów (terrorystyczne i ataki na bazy XCom-u) generowane są rzadko, z czego wynikają kłopoty ze zdobyciem kalcynitów, potrzebnych do opracowania cennej broni do walki wręcz.

Błędy i ograniczenia związane z inwentarzem marynarzy:

„Clip Weight”: na początku misji gra automatycznie umieszcza magazynki w broni, ale nie zapisuje poprawnie wszystkich wartości, co jest przyczyną różnych drobnych błędów, między innymi masa magazynków nie jest dodawana do obciążenia marynarza, a po ręcznym rozładowaniu broni i pozostawieniem magazynku w ekwipunku obciążenie marynarza wzrasta (błąd ten nie wystąpi, jeśli załadujemy broń ręcznie przed rozpoczęciem misji);
jeśli marynarz położy na podłożu broń wraz z magazynkiem, masa magazynku wciąż go obciąża (aby tego uniknąć, powinien wcześniej broń rozładować i kłaść na podłożu osobno broń i osobno magazynek).

Błędy i ograniczenia związane z walką na misji:

marynarze mający jakikolwiek pancerz (nawet najsłabszy) są całkowicie odporni na ogień, natomiast czołgi ogień uszkadza w 40%;
umierający marynarz wydaje taki sam krzyk niezależnie od płci – w UFO-1 mężczyźni i kobiety krzyczą inaczej;
czołg może w rzadkich wypadkach utracić morale i wpaść w szał, a wówczas gra ulega awarii;
„Particle Detector Animation”: miganie obiektów na ekranie Disturbance Sensor jest zbyt szybkie;
„Funky Fire”: jeśli oddamy strzał amunicją zapalającą, a jakaś jednostka stoi w ogniu gdziekolwiek na planszy (nawet na drugim jej końcu), wówczas ta jednostka dozna dodatkowych obrażeń (dotyczy to także czołgów); jeśli oddamy strzał amunicją zapalającą, a jakaś jednostka stoi w dymie gdziekolwiek na planszy (nawet na drugim jej końcu), wówczas zostanie zwiększony poziom ogłuszenia tej jednostki (w ten sposób nasz żołnierz może stracić przytomność);
„Door Jam”: jeśli rozsuwane drzwi były otwarte w chwili zapisywania stanu gry, to po wczytaniu gry z tego zapisu drzwi pozostaną ciągle otwarte aż do końca misji;
Dart Gun jest tak słabą bronią, że jest mało użyteczny nawet na misjach z akwatoidami; według UFOpedii magazynki do tej broni mają 10 naboi, tymczasem ich pojemność wynosi 12 naboi;
użycie Disruptor Pulse Launchera lub Pulse Wave Torpedo Cannonu (czołgu) bez wskazania punktów pośrednich toru lotu pocisku może powodować awarię gry lub pozostawienie łuski (i niemożność oddania kolejnego strzału bez jej usunięcia);
„Collectors Edition Blaster Bomb Bug”: strzał pionowy (w górę lub w dół) z broni kierowanej może powodować awarię gry lub lot pocisku na południe (w lewo w dół – błąd ten występuje w Collectors Edition);
nie można zranić ani zabić obcych, strzelając pionowo (w górę lub w dół) ze zwykłej broni strzeleckiej, co rodzi przykre konsekwencje, mianowicie wewnątrz bazy obcych pierwszego typu, nazwanej Alien Artefact Site, pod pokojem z Synomium znajduje się niewielkie pomieszczenie, w którym zwykle przebywa halucynoid, który zwykle nie ma ochoty pomieszczenia tego opuścić i blokuje sobą windę; można go zabić tylko używając Disruptora, ale to niszczy wszystkie przedmioty rozmieszczone wokół, co nie musi być efektem pożądanym przez gracza;
„No Underwaters Weapons Fire on Land”: niektóre rodzaje broni działają tylko pod wodą: HydroJet Cannon, Torpedo Launcher, Disruptor Pulse Launcher, ponadto dwa czołgi: Coelecanth/AquaJet oraz Displacer/PWT, mimo to w czasie tury obcych w misjach lądowych mogą one oddawać strzały obronne; podobnie dzieje się, gdy jednostka wpadnie w szał bitewny;
„Gauss Tank Turret Stats Fix”: Coelacanth/Gauss używa tych samych pocisków, co pokładowe działo Gaussa statku, ale ma większą siłę zniszczenia (120 wobec 90); ponadto nie używa Auto-Fire;
„Displacer Sonic Cannon”: według Ufopedii siła ognia czołgu Displacer/Sonic wynosi 130, tymczasem w rzeczywistości wynosi 110; broń pokładowa Sonic Oscillator ma siłę ognia 150;
jednostka o rozmiarze 2×2 (czołg, Hallucinoid, Xarquid, Triscene) może próbować przejść przez północną ścianę (np. statku) i wówczas w niej utkwi;
statek transportowy na misjach lądowych może lądować w niezbyt odpowiednim miejscu, co może skutkować, że wygląda na zniszczony – to jednak nie przeszkadza zupełnie w ewentualnej ewakuacji oddziału XCom-u z misji;
w TFTD 1.0 występuje błąd rozmieszczenia żołnierzy w lewiatanie – jeden z żołnierzy „fruwa” ponad statkiem (błąd został usunięty w wersji 2.0);
mapy dwóch najmniejszych USO, Survey Ship i Escort, zostały zamienione ze sobą; ten sam błąd występuje w UFOpedii i na ekranie pogoni za USO (tam zamienione są także obrazy jeszcze jednej pary USO, jednak w części taktycznej występują poprawne mapy);
inne błędy map powodują, że duże jednostki obcych (Hallucinoid, Xarquid, Triscene) mogą pojawiać się w miejscach, których nie mogą opuścić (także: w ścianach), szczególnie, że na niektórych mapach jest czasem niewiele miejsc, gdzie mogą się one w ogóle pojawić;
niedostateczna ilość miejsc pojawiania się obcych na początku misji skutkuje brakiem na danej misji obcych, którzy powinni się na niej pojawić – w rezultacie zwłaszcza rasa Triscene jest tak rzadka, że można ukończyć grę kilkakrotnie i nie natrafić na tego obcego ani raz;
część przedmiotów na mapach identyfikowana jest przez grę jako coś zupełnie innego (np. Examination Room jako Alien Implanter, dlatego przedmiotu tego nie można normalnie zdobyć ani zbadać);
na mapach występują błędy linii widzenia (można patrzeć przez ścianę, albo przeciwnie, nie można zobaczyć jakiegoś miejsca, choć nie jest ono niczym przesłonięte);
wystrzelone pociski mogą na niektórych mapach trafiać w powietrzu w niewidoczne ściany i inne obiekty;
kolejne błędy map (plików *.mcd) sprawiają, że poruszanie się po pewnych powierzchniach zabiera więcej jednostek czasu niż powinno;
metalowe elementy na misjach antyterrorystycznych na statkach unoszą się w powietrzu nawet po zniszczeniu ścian, do których były przyczepione;
„Alternate Colony Weapons Loadout”: nawigatorzy i komandorzy w kolonii obcych nie mają broni;
obcy nie używają w ogóle broni do walki wręcz (Vibroblade, Thermic Lance, Heavy Thermic Lance), w którą są wyposażeni (w istocie jest to ukryty błąd występujący także w UFO-1, który się nie ujawnia, ponieważ tam obcy nie mają broni do walki wręcz);
obcy nie potrafią podnosić żadnych przemiotów, w tym broni, którą upuszczą czy którą znajdą;
jeśli zestrzelimy Battleship lub Dreadnought, wówczas na misji podwodnej napotkamy inne rasy niesamodzielne (terrorystów) niż na misji lądowej, która miałaby miejsce, gdyby doszło do ataku terrorystycznego lub ataku na bazę XCom-u – wynikałoby stąd, że inny typ obcych przewożony jest statkiem, a inny statek ten opuszcza, i nie wiadomo przy tym, skąd ci obcy się wzięli (w UFO-1 błąd ten nie występuje, tam skład ekipy terroryzującej cywilów dokładnie odpowiada składowi załogi statku Terror Ship, natomiast skład oddziału najeźdźców na bazę XCom-u dokładnie odpowiada składowi załogi największego UFO o nazwie Battleship, odpowiadającemu okrętowi Dreadnought w UFO-2); jeśli atak na port prowadzony przez okręt Battleship kończy się lądowaniem akwatoidów i kalcynitów, ale ten sam Battleship uda się zatopić przed atakiem, to wówczas na misji nie będzie żadnych kalcynitów, zjawią się natomiast halucynoidy; podobnie głębiony zastępowane są przez xarquidy, a mózgowniki i trisceny przez tentakulaty.

Błędy występujące u poszczególnych ras obcych:

Calcinite, Deep One, Tentaculat, Triscene, Hallucinoid i Xarquid mają ustawione niezerowe wartości atrybutu Throwing Accuracy (Calcinite, Triscene i Hallucinoid mają rekordowo wysokie wysokości tej cechy), choć nie wykonują rzutów żadnymi przedmiotami;
Tasoth opisany jest w UFOpedii jako żołnierz piechoty, wygląda jak gatunek lądowy, tymczasem występuje raczej w misjach podwodnych, łatwo wpada w panikę, a do tego jest głównym gatunkiem używającym kontroli molekularnej;
przebadanie Tasotha zapoczątkowuje badania nad M.C., i to nawet wtedy, gdy badamy żołnierza, który żadnych umiejętności M.C. nie ma;
stary skafander nurkowy, który noszą kalcynity, zapewnia im lepszą ochronę niż nowy skafander nurkowy żołnierzom XCom-u;
„Deep One is not Celatid”: atak Deep One wygląda jak splunięcie celatyda z UFO-1, choć obcy ten atakuje polem elektrycznym, a nie kwasem;
„Modify Deep One Gun Stats”: Deep One w UFOpedii ma przy sobie broń wyglądającą tak jak pokładowe działo P.W.T. Cannon; w rzeczywistości ma atakować polem elektrycznym;
Deep One wbrew nazwie („głębion”) zjawia się głównie na misjach lądowych, można go jednak spotkać wyjątkowo także jako członka załogi okrętu Dreadnought z mieszaną załogą lobstermenów i akwatoidów, a także jako członka załogi obcych na 2. i 3. etapie misji końcowej w T’leth;
choć przebadanie Deep One jest niezbędne do opracowania pancerza XCom-u, obcy ten ma słabszy pancerz niż skafander nurkowy;
UFOpedia informuje o różnych odmianach głębionów, tymczasem w grze wszystkie głębiony wyglądaja tak samo;
„Bio-Drone is not Silacoid”: poruszający się mózgownik pozostawia spalony ślad na podłożu jak silakoid w UFO-1; błąd ten jest wynikiem pozostawienia w grze niepotrzebnego fragmentu kodu;
„Bio-Drone Melee Attack”: ataki wręcz mózgownika nie powodują żadnych obrażeń u atakowanego, ponieważ siła bezpośredniego ataku tego obcego wynosi 0;
tentakulaty normalnie nie występują na misjach lądowych, jednak gdy mieszana załoga lobstermenów i akwatoidów atakuje bazę XCom-u, mogą zjawić się u ich boku (mimo że ewidentnie ich budowa powinna uniemożliwić im życie na lądzie);
opis tentakulatów w UFOpedii stwierdza, że zombi powodują śmierć przez dotknięcie, nawet przez pancerz, tymczasem jest to nieprawdą, a ich zdolności do walki wręcz są znikome w porównaniu ze zdolnościami tentakulatów; UFOpedia ponadto nie informuje zupełnie, że po śmierci zombi zmieniają się w tentakulaty;
„Hallucinoid Range Attack”: według UFOpedii halucynoid ma zdolność do ataku skutkującego ogłuszeniem, tymczasem w grze nie używa tej możliwości;
„Modify Hallucinoid Range Attack”: halucynoid ma zdolność do ataku na odległość, ale dane gry zawierają informację, że atak taki jest możliwy tylko na lądzie, tymczasem obcy tej rasy pojawia się tylko w wodzie (atak wręcz działa poprawnie);
Xarquid jest rodzajem zmutowanego głowonoga (łodzika), zrozumiałe byłoby więc, gdyby mógł występować tylko pod wodą, jednak w rzeczywistości trafia się on także na misjach lądowych, gdzie występuje obok mieszanej załogi tasotów i akwatoidów;
łodziki pływają czułkami do tyłu, xarquidy czułkami do przodu – taki mechanizm poruszania się jest zupełnie niewiarygodny;
wbrew informacjom zawartym w UFOpedii xarquid nie używa wydzieliny gruczołu czernidłowego do maskowania.

Błędy i ograniczenia związane z minami i granatami:

przeniesienie granatu do ręki, uzbrojenie go i rzut zabiera marynarzowi prawie wszystkie punkty ruchu, co sprawia, że granaty są bronią mało użyteczną;
jeśli uzbrojony i rzucony granat nie wybucha od razu, podniesie go marynarz i rzuci go dalej, zabierze mu to znacznie mniej jednostek czasu niż uzbrojenie granatu, który ma ze sobą;
za zabicie wroga granatem otrzymuje punkty doświadczenia tylko marynarz, który granat rzucił (a nie ten, który go położył na ziemi);
jeśli wróg ginie od wybuchu granatu, który nie został wyrzucony, lecz położony na ziemi, punkty doświadczenia otrzymuje zawsze pierwszy marynarz z eskadry XCom;
nie wiadomo, dlaczego właściwie Dye Grenade (granat farbujący), wydzielający do wody ciemny barwnik zmniejszający widoczność, powoduje zwiększenie poziomu ogłuszenia marynarzy (i w pewnych przypadkach może spowodować ich nieprzytomność);
w rzeczywistości granaty te w ogóle nie spełniają swojej funkcji, bo są zdecydowanie za słabe (siła ich „eksplozji” wynosi 10, choć aby skutecznie przesłaniały pole widzenia, pownna wynosić co najmniej 40 lub nawet 60, jak granaty dymne w UFO-1);
urządzenie o nazwie Particle Displacement Grenade jest wbrew nazwie miną wybuchającą, gdy jakaś jednostka na nią nastąpi;
„Proximity Grenades”: stan Particle Displacement Grenade nie jest przechowywany w zapisie gry, po załadowaniu gry z jej zapisu nie tylko nigdy nie wybuchnie, ale nie będzie go można też ponownie uzbroić;
„Proximity Grenades Experience”: zdarza się, że punkty doświadczenia zostają przyznane ofierze, a nie żołnierzowi, który rzucił granat;
jednocześnie na planszy może znajdować się tylko 20 uzbrojonych min Particle Displacement Grenade, jeśli uzbroimy kolejną, ta nigdy nie wybuchnie (ograniczenie to odnosi się tylko do danej chwili, jeśli bowiem z 20 uzbrojonych min jedna wybuchnie, można skutecznie uzbroić kolejną).

Błędy i ograniczenia w grze taktycznej związane ze zdolnościami marynarzy:

dalekie rzuty przedmiotami nie są możliwe nawet jeśli marynarz ma odpowiednią siłę (Strength), bo rzut odbywa się zawsze po łuku, który może nie zmieścić się w obszarze walki, mającym tylko cztery poziomy;
jeśli siła marynarza wynosi około 150 lub więcej (co jest możliwe tylko na drodze hakowania gry), nie będzie on w stanie rzucić żadnym lekkim przedmiotem (np. granatem) – maksymalna odległość rzutu wyniesie bowiem wówczas powyżej 255, co gra odczytuje jako wartość ujemną;
walka powoduje, że marynarz zdobywa doświadczenie i poprawia umiejętności aż do osiągnięcia wartości maksymalnych (100–105 dla Reactions i Psi Skill, 120–125 dla Firing Accuracy, Throwing Accuracy i Melee Accuracy, 100 dla Bravery, 80–81 dla TUS, 60–61 dla Health, 70–71 dla Strength oraz 100–101 dla Stamina), ale umiejętność Molecular Control Skill może być także podnoszona poprzez pobyt w laboratorium psionicznym, i wówczas nie istnieje wartość maksymalna, co oznacza, że po przekroczeniu 255 umiejętność M.C. spada do zera.

Błędy i ograniczenia związane z kontrolą molekularną:

jeśli w czasie misji zbyt wiele jednostek wroga (przypuszczalnie ponad 40) znajdzie się pod naszą kontrolą, gra ulega awarii (wypadek taki może zdarzyć się zwłaszcza podczas obrony bazy przed atakiem obcych);
jeśli przejmiemy kontrolę nad wszystkimi pozostałymi przy życiu obcymi, zamiast zwycięstwa możemy doświadczyć awarii gry;
kontrola molekularna dużych jednostek (Hallucinoid, Xarquid, Triscene) działa poprawnie tylko wówczas, jeśli przejmiemy aktywną część obcego, którą jest część północno-zachodnia, w przeciwnym wypadku prowadzi do zupełnie nieoczekiwanych rezultatów, jak przejęcie tylko 3 części obcego, a w kolejnej turze XCom-u zamiana jednej niekontrolowanej wcześniej części w jednostkę współpracującą z XCom-em i walczącą z obcymi;
„Unconscious Unit MC”: ogłuszenie przejętego przez obcych marynarza, a następnie przywrócenie go do przytomności za pomocą Medi-kitu (co może się udać jeszcze w tej samej turze) sprawia, że zostanie on od razu wyzwolony spod kontroli obcych;
„Hostile Civilians”: przejęcie kontroli molekularnej nad cywilem zamienia go we wroga – takiego przerobionego cywila-zdrajcę można zabić, zyskując punkty i doświadczenie, i nie narażając się na utratę punktów za zabicie cywila przez obcego;
kontrolowany i zabity zombi wydaje z siebie wrogiego tentakulata, który od kolejnej tury do końca misji będzie walczył po stronie XCom-u;
po zakończeniu misji taki „udomowiony” tentakulat zamienia się w jednostkę, z której powstał zabity zombi (marynarz XCom-u lub cywil) – w ten sposób można w pełni odzyskać marynarzy, którzy zostali zaatakowani przez tentakulata – wrócą oni normalnie do bazy, i to wraz ze swoim pancerzem;
jednostka kontrolowana może używać broni obcych nawet wtedy, gdy broń ta nie została jeszcze opracowana przez naukowców XCom-u.

Błędy i ograniczenia związane z jednostkami nieprzytomnymi (ogłuszonymi, zamrożonymi):

nieprzytomna jednostka może zostać zabita nawet bardzo słabą bronią;
„Corpses Don’t Teleport”: niekiedy gdy nieprzytomny marynarz zostanie przeniesiony, a następnie zabity przez eksplozję, jego ciało może pojawić się w miejscu, gdzie utracił przytomność;
znikają marynarze ogłuszeni w Trytonie w czasie misji antyterrorystycznej (nie są wymieniani ani na statku, ani poza nim);
gdy misja zostanie przerwana w momencie, gdy wszyscy pozostali przy życiu marynarze są nieprzytomni, znika także ich Tryton, a oni są przypisani przez grę do fantomowego statku „Weapon-1”, i stają się niedostępni (gubią się, nie mogą wrócić do bazy);
marynarz zabijający nieprzytomnego wroga nie otrzymuje za to punktów doświadczenia;
nieprzytomną jednostkę można podnieść i schować do plecaka – jeśli marynarz, który go niesie, zostanie zabity np. wskutek potężnego wybuchu, jednostka schowana w jego plecaku nie dozna żadnych obrażeń;
animacja cywila, który traci przytomność, wygląda jakby był on zabijany;
nieprzytomny marynarz bez pancerza jest odporny na ogień (choć gdyby był przytomny, doznałby obrażeń);
gra ulega awarii, jeśli obcy uwalnia się spod kontroli umysłu, trzymając w prawej ręce nieprzytomnego marynarza (którego podniósł w poprzedniej turze, będąc pod kontrolą);
jeśli marynarz trzyma w ręce nieprzytomnego kolegę, i ten odzyska przytomność lub umrze, jego ciało pozostanie dalej w ekwipunku marynarza, który go niósł, a próba użycia tego ciała (na ekranie walki) skończy się awarią gry (można natomiast zamienić to fantomowe ciało z innym przedmiotem w ekwipunku);
gdy ogłuszona jednostka odzyskuje przytomność znajdując się w plecaku marynarza mającego pancerz latający, sama uzyskuje umiejętność latania (co najmniej na kilka tur);
nie jest możliwe podrzucenie przytomnego marynarza tak, aby wskoczył na piętro bez schodów, ale można wrzucić na piętro marynarza nieprzytomnego;
po przepełnieniu tablicy obiektów (występującym z reguły podczas obrony własnej bazy) nie jest możliwe ogłuszenie obcych – przestaną oni być widziani, ale wciąż traktowani są przez grę jak żywi (co skutkuje niemożnością skończenia misji bez ich zabicia).

Błędy i ograniczenia związane z obroną bazy:

podczas obrony bazy marynarzy można uzbroić tylko w 80 pierwszych przedmiotów znalezionych w bazie – są to często przedmioty zupełnie bezużyteczne, np. flary lub magazynki do broni;
podczas obrony bazy okazuje się, że pomieszczenie w prawym dolnym rogu (inne niż hangar) nie ma wyjścia, i aby znajdujących się tam marynarzy włączyć do walki, konieczne jest użycie broni kierowanej, rakiet lub najsilniejszych granatów.

Błędy i ograniczenia związane z misjami dwuetapowymi (i trójetapowymi):

„EOB”: marynarze nieprzytomni lub kontrolowani przez obcych w momencie zakończenia pierwszego etapu misji stają się niewidzialni w drugiej części;
w TFTD v. 1.0 przedmioty pozostawione na podłożu podczas pierwszego etapu misji nie są zabierane do bazy po ukończeniu (lub przerwaniu) drugiej części; dotyczy to także przedmiotów pozostawionych w statku transportowym (błąd ten nie występuje już w v. 2.0);
„EOB”: między etapami misji jednostki nie mają możliwości, by podleczyć zdrowie, opatrzyć rany, wypocząć (odzyskać energię) i podnieść morale;
wszyscy obcy schwytani na pierwszym etapie misji giną w momencie rozpoczęcia drugiego etapu, co sprawia, że ich chwytanie (ogłuszanie) jest całkowicie bezcelowe, chyba że zamiarem gracza jest położenie schwytanych (nieprzytomnych) obcych na statku i przerwanie misji przed ukończeniem pierwszego etapu (skutkiem tego błędu jest trudność w zdobyciu żywego obcego rasy Tasoth – tacy obcy są rzadko spotykani poza pierwszymi etapami misji w bazie obcych).

Błędy i ograniczenia związane z zakończeniem misji i powrotem:

„EOB”: jeśli jakiś marynarz dostanie się pod kontrolę obcych, będzie w tym stanie do końca ich tury oraz przez całą następującą turę XCom-u, po czym wydostanie się spod kontroli – ale jeśli w czasie tury XCom-u misja zakończy się (odwrotem, zabiciem wszystkich obcych lub ich ogłuszeniem), wówczas kontrolowany marynarz nigdy nie wydostanie się spod kontroli obcych, nie wróci już do walki i będzie liczony jako MIA (missing in action, zaginiony w akcji);
„EOB”: jeśli marynarz pod kontrolą obcych zostanie ogłuszony i pozostanie w tym stanie do końca misji (dowolną ilość tur), nigdy nie wydostanie się spod kontroli obcych, nie wróci już do walki i będzie liczony jako zaginiony w akcji;
jeśli przerywamy misję, nieprzytomny marynarz będzie traktowany jako zaginiony w akcji, gdy pozostanie poza obszarem ewakuacji (co oczywiste), ale także wtedy, gdy zostanie na ten obszar wrzucony, albo jeśli pozostanie w plecaku jednego z kolegów (oznacza to, że tylko położenie nieprzytomnego na podłożu w obszarze ewakuacji gwarantuje, że wróci on do bazy);
marynarz, który stracił przytomność i leżał na obszarze ewakuacji, wróci do bazy w momencie przerwania misji nawet wówczas, jeśli ktoś go wyrzucił poza ten obszar (ale nie wróci i będzie zaginiony w akcji, jeśli zostanie położony poza obszarem ewakuacji);
po śmierci marynarza na misji tracimy jego pancerz;
po misji tracimy całą amunicję z napoczętych, ale niewystrzelanych do końca magazynków, a w pewnych sytuacjach także z magazynków załadowanych do broni i nienaruszonych (np. magazynków broni obcych, gdy misja zostanie przerwana, lub gdy używa się określonej wersji gry);
jeśli jednak w trakcie misji wyciągniemy z broni napoczęty magazynek, wówczas po misji zjawi się on w bazie i będzie pełny;
„Gauss Tank Ammo”: po misji tracimy całą amunicję czołgu z działem Gaussa (Coelacanth/Gauss), zatem tracimy do 50 naboi, nawet jeśli nie wystrzelono ani jednego;
„Artifacts collected on Abort”: w wersji CE: jeśli misja zostanie przerwana, to magazynki załadowane do broni porzuconej na polu bitwy (także przez obcych) znajdą się w bazie;
z powodu licznych błędów w mapach, z misji nie jest zabierany Examination Room, dlatego bez sztuczek hakerskich nie można go zbadać ani uzyskać odpowiedniego wpisu w UFOpedii.

Błędy krytyczne i koncepcyjne drzewa wynalazków w TFTD:

„Tech Tree Impass 1”: Alien Sub Construction (bardzo istotne!) – przedmiot o tej nazwie musi znajdować się w magazynie w momencie ukończenia prac nad Zrbite oraz Transmission Resolver; niespełnienie tego warunku uniemożliwia skończenie gry;
„Tech Tree Impass 2”: MC Reader (istotne!) – w wersjach gry innych niż 2.1 (a więc także w wersji Collector’s Edition) urządzenie to musi znajdować się w magazynie w momencie zakończenia badań nad MC Lab, inaczej nie da się go już zbadać do końca gry, i podobnie nie da się odkryć powiązanych z nim M.C. Disruptor i M.C. Generator;
błąd 4 dopuszczalnych nowych przedmiotów produkcji – w wyniku ukończenia badań możemy otrzymać najwyżej 4 nowe przedmioty produkcji; na przykład badania nad Gauss Cannon, Sonic Oscillator i P.W.T. Cannon zostały już wcześniej zakończone, wówczas zbadanie New Fighter Flying Sub powinno udostępnić 5 nowych rodzajów produkcji (Manta, Coelacanth/Gauss, Displacer/Sonic, Displacer/P.W.T. oraz P.W. Torpedo), jednak z powodu omawianego błędu zostaną udostępnione tylko 4 z nich, a piąty pojawi się dopiero po zakończeniu jakiegoś innego badania.

Błędy logiczne drzewa wynalazków w TFTD:

przebadanie żywego obcego nie daje możliwości zbadania jego ciała, które w tym celu należy zdobyć na misji (w przeciwieństwie do tego w UFO-3 po rozpoczęciu badań nad żywym obcym możliwe staje się dokonanie autopsji jego zwłok);
informacje o pewnych produktach technologii obcych uzyskamy tylko wówczas, gdy przebadamy ciała obcych, a obecność przedmiotów nie będzie niezbędna (w rezultacie dokonujemy samodzielnie odkryć technologicznych, a rezultat naszych badań jest przypadkowo identyczny jak produkt obcej technologii, z którą nie mieliśmy okazji się zapoznać);
aby zbadać Aqua Plastics, nie potrzeba ich mieć w magazynie – wystarczy zakończyć badania nad Deep One Corpse;
identyczny błąd logiczny dotyczy Vibro Blade, Thermic Lance i Heavy Thermic Lance;
mimo nieukończonych badań nad Aqua Plastics można zbadać lub wynaleźć, a następnie wytwarzać przedmioty, których produkcja wymaga tego surowca: Sonic Pistol, Sonic Blasta Rifle, Sonic Cannon, Thermal Shok Launcher, Disruptor Pulse Launcher, PWT Cannon, Ion-Beam Accelerators, Magnetic Navigation, M.C. Reader, M.C. Disruptor; brak błędu jedynie przy czołgach Displacer, pancerzach, statkach opartych na technologii obcych;
mimo nieukończonych badań nad Zrbite można zbadać lub wynaleźć, a następnie wytwarzać przedmioty, których produkcja wymaga tego surowca: Pistol Power Clip, Blasta Power Clip, Cannon Power Clip, Sonic Oscillator, Sonic Pulser, Thermal Shok Bomb, Ion-Beam Accelerators, Ion Armour, Magnetic Ion Armour, Vibro Blade, Thermic Lance, Heavy Thermic Lance, M.C. Reader, M.C. Disruptor; brak błędu jedynie przy czołgach Displacer, Disruptor Ammo, PWT Launcher Ammo, statkach opartych na technologii obcych;
aby opracować pancerz jonowy (Ion Armour), należy – koniecznie po opracowaniu Plastic Aqua-Armour i po zbadaniu Ion-Beam Accelerators – przesłuchać żywego głębiona (Deep One) zamiast zbadać Zrbite;
„Gauss Tank”: aby produkować Coelacanth/Gauss, trzeba wcześniej ukończyć temat badawczy New Fighter Flying Sub (Manta) – wymaganie to nie jest niczym uzasadnione, gdyż czołg ten nie jest czołgiem „latającym” i wygląda zupełnie jak dwa czołgi dostępne od początku gry z wyjątkiem rodzaju uzbrojenia; omawiane uzależnienie jest ponadto przyczyną wystąpienia wymienionego wyżej błędu 4 przedmiotów produkcji.

Utrudnienia drzewa wynalazków w TFTD:

jeżeli do badań konieczna jest obecność jakiegoś przemiotu, musi się on znaleźć w bazie przed ukończeniem badań nad prerekwizytami; niespełnienie tego warunku w dwóch przypadkach może uniemożliwić dalsze badania, a nawet ukończenie gry;
Sonic Pistol Clip – sprzedanie wszystkich magazynków do tej broni przed zakończeniem badań nad Sonic Pistol i Sonic Pistol Clip powoduje zaprzestanie używania Sonic Pistol przez obcych, co z kolei blokuje możliwość zbadania bardziej zaawansowanych broni sonicznych i w praktyce uniemożliwia ukończenie gry;
jeżeli do uzyskania tematu badawczego konieczne jest przesłuchanie obcego, wówczas wszystkie inne powiązane badania muszą być ukończone wcześniej, a w bazie musi się znaleźć niezbędny przedmiot (jest to logiczne – musimy wiedzieć, o co pytać przesłuchiwanego); przykłady podano w kolejnych punktach;
jeżeli w momencie zakończenia badań nad Deep One Terrorist nie zostały jeszcze zakończone tematy Plastic Aqua-Armour oraz Ion-Beam Accelerators, będzie można następnie tylko zbadać MC Lab i aby otrzymać temat Ion Armour potrzebny będzie kolejny Deep One Terrorist (może to sprawiać kłopoty, gdyż Deep One przestaje się zjawiać w późniejszych fazach gry);
jeżeli w momencie zakończenia badań nad Lobster Man Commander nie jest jeszcze opracowana technologia New Fighter Transporter (Hammerhead), uzyskanie tematu Latest Flying Sub (Leviathan) będzie wymagać zbadanie następnego Lobster Man Commander;
Lobster Man Commander nie powinien być też badany jako pierwszy obcy – gdyż wtedy otrzymamy tylko temat Alien Origins, i konieczne będzie złapanie i zbadanie kolejnego;
przebadanie Lobster Man Commander po opracowaniu tematu Alien Origins prowadzi do otrzymania tematu The Ultimate Threat, ale wówczas potrzeba przebadać innego Lobster Man Commander dla zdobycia tematów T’leth, the Alien’s City oraz Latest Flying Sub;
badanie Bombardment Shield jest możliwe dopiero po opracowaniu planów statku Leviathan, co sprawia, że urządzenie to staje się bezużyteczne: do tego samo badanie nie jest krótkie, a wybudowanie trwa wręcz bardzo długo, tak długo, że przed jego ukończeniem można dokonać inwazji na miasto obcych i zakończyć grę;
przebadanie Aquatoid Medic dostarcza co prawda informacji o jakiejś rasie, ale nie daje żadnych związanych z tym dalszych korzyści dla badań;
jak wyżej wspomniano, normalnie nie można w ogóle przebadać przedmiotu o nazwie Examination Room, gdyż choć wizualnie występuje on na mapach, gra traktuje go jako Alien Implanter lub jeszcze coś innego.

Prawidłowa kolejność badań kluczowego fragmentu drzewa wynalazków jest następująca:

Deep One Corpse;
Aqua Plastics;
Plastic Aqua Armour;
Ion-Beam Accelerators;
Magnetic Navigation;
Deep One Terrorist;
Ion Armour;
Magnetic Ion Armour.

Następujące tematy należy kończyć dopiero po zdobyciu (na misji) określonych przedmiotów lub po zakończeniu innych badań:

M.C.-Lab – po zdobyciu przedmiotu o nazwie M.C. Reader;
Transmission Resolver – po zdobyciu przedmiotu o nazwie Alien Sub Construction;
Zrbite – po zdobyciu Alien Sub Construction, Disruptor Pulse Launcher oraz Disruptor Ammo;
P.W.T. Cannon – po opracowaniu New Fighter Flying Sub (Manta), z uwagi na błąd 4 przedmiotów.
Deep One Terrorist – po opracowaniu Plastic Aqua-Armour oraz Ion-Beam Accelerators;
Tasoth (Soldier lub Squad Leader) – po przebadaniu M.C. Reader;
Lobster Man Navigator – po opracowaniu Alien Origins, a w wersji 1 dodatkowo po zdobyciu Magnetic Navigation;
Lobster Man Commander – po opracowaniu The Ultimate Threat oraz New Fighter Transporter (Hammerhead).

Dla bezpieczeństwa należy przyjąć zasadę, że żywych obcych badamy tylko wtedy, gdy jesteśmy pewni, że wszystkie powiązane tematy zostały już zakończone. Z uwagi na możliwe problemy najlepiej przed przystąpieniem do badań jakiegokolwiek obcego należy też zdobyć Magnetic Navigation.

Bezpieczne badania żywych obcych (można je rozpocząć bez względu na inne okoliczności) dotyczą:

Aquatoid (z wyjątkiem Aquatoid Medic);
Gill Man (z wyjątkiem Commander);
Lobster Man (ale nie Navigator i nie Commander);
Calcinite;
Bio-Drone;
Tentaculat;
Triscene;
Hallucinoid;
Xarquid.

W wersji 1 drzewo badań różni się pod następującymi względami:

temat Magnetic Navigation wymaga zbadania Lobster Man Navigator (w wersji 2.0 wystarczy zdobycie tego przedmiotu na misji – zmiana ta stanowi ułatwienie gry);
Magnetic Ion Armour nie wymaga wcześniejszego zbadania Ion Armour (logicznie rzecz biorąc, to błąd); potrzebne są za to Ion-Beam Accelerators oraz Magnetic Navigation;
aby zbadać Aqua Plastics, trzeba nie tylko zbadać Deep One Corpse, ale i trzymać aż do rozpoczęcia badań nad Aqua Plastics (błąd gry).

Uwaga: wśród miłośników TFTD krąży plotka o pojawianiu się obcego Tasoth Commander. W żadnej z oficjalnych wersji gry przebadanie takiego obcego nie jest jednak możliwe (nie pozwala na to struktura pliku PROJECT.DAT), a ręczne umieszczenie go w Alien Containment (metodą hakerską) powoduje, że gra i tak go nie zauważa. Zgodnie z tą plotką Tasoth Commander informuje tylko o T’leth, the Alien’s City, ale nie daje tematu Leviathan i blokuje go tak, że późniejsze zbadanie Lobster Man Commander nic już nie da, co prowadzi do niemożności skończenia gry.