Do gry wprowadzono dwie oficjalne poprawki. Pierwsza to poprawka do wersji 2.0, obejmująca pliki GEODATA\OBDATA.DAT, UFOEXE\GEOSCAPE.EXE oraz UFO2EXE\TACTICAL.EXE. Druga poprawka (do wersji nieoficjalnie określanej jako 2.1) obejmuje dodatkowe zmiany w pliku UFOEXE\GEOSCAPE.EXE, przy czym wielkość pliku pozostaje taka sama:
| wersja | UFOEXE\GEOSCAPE.EXE | UFO2EXE\TACTICAL.EXE |
|---|---|---|
| 1.0 | 490 889 B | 402 201 B |
| 2.0 | 496 057 B | 410 777 B |
Istnieją także różnice między wersją 1.0 a 2.0 w plikach zapisów stanów gry: ASTORE.DAT w wersji 1.0 ma wielkość 600 bajtów i przechowuje informacje o 50 schwytanych obcych, natomiast w wersji 2.0 ma 3600 B (gra zapamiętuje dane 300 obcych). Różnice występują także w pliku RESEARCH.DAT. Listę różnic (decydujących o szczegółach drzewa wynalazków) przedstawia tabela:
| offset bajtu | pole | bajt | zawartość | ||
|---|---|---|---|---|---|
| dec | hex | 1.0 | 2.0 | ||
| 398 | 18E | 18 | 2 | 00 | 51 |
| 410 | 19A | 18 | 14 | 00 | 01 |
| 414 | 19E | 18 | 18 | 00 | 01 |
| 552 | 228 | 25 | 2 | 46 | 00 |
W wersji Gold lub Collector’s Edition oba główne pliki wykonywalne zostały zastąpione jednym plikem Terror from the Deep.exe, umieszczonym w głównym katalogu gry, o wielkości 585 728 B. W wersji tej dodano też pliki mid w katalogu SOUND, usuwając jego dotychczasową zawartość, oraz zmieniono nieznacznie pliki językowe w katalogu GEODATA, zastępując „quit to DOS” samym „quit”.