Do gry wprowadzano kolejne poprawki (można je ściągnąć z różnych stron poświęconych grze), w wyniku czego istnieje szereg jej wersji. Można je rozpoznać po wielkości 2 głównych plików wykonywalnych:
| wersja | UFOEXE\GEOSCAPE.EXE | UFO2EXE\TACTICAL.EXE |
|---|---|---|
| 1.0 | 414 419 B | 415 343 B |
| 1.1 | 414 419 B | 415 343 B |
| 1.2 | 415 271 B | 401 531 B |
| 1.3 | 419 367 B | 401 531 B |
| 1.3 Es | 415 199 B | 401 491 B |
| 1.4 | 382 957 B | 384 985 B |
Istnieją różne rodzaje geoscape.exe w wersjach 1.0 i 1.2 o tej samej wielkości (różniące się tylko zawartością niektórych bajtów). Jedyna różnica między wersjami 1.0 a 1.1 jest zawarta w pliku MAPS\UBASE_07.MAP. W wersji 1.2 zmieniono także pliki GO.COM i DOS4GW.EXE oraz niektóre pliki z folderów GEODATA (pliki językowe typu ENGLISH.DAT), TERRAIN (BARN.MCD, CULTIVAT.MCD, FOREST.MCD i U_BITS.MCD), UFOGRAPH (TAC01.SCR) i UNITS (CHRYS.PCK i CHRYS.TAB). Es oznacza wersję hiszpańską. Wersja 1.4 jest uruchamiana plikiem wsadowym ufo.bat, xcom.bat, newxcom.bat lub go.bat (pliki te mają taką samą zawartość), podczas gdy wszystkie wersje wcześniejsze plikiem go.com. W wersji tej zmieniono także zawartość katalogu SOUND.
W wersji Gold lub Collector’s Edition oba pliki EXE zastąpiono przez plik UFO Defense.exe w katalogu głównym gry o wielkości 495 616 bajtów, zmieniono też zawartość katalogu SOUND.